Die sich an die Einführungsphase anschließende zweijährige Qualifikationsphase mit den Jahrgangsstufen K12 und K13 umfasst insgesamt vier Qualifikationshalbjahre (Q1 – Q4).
Der Unterricht findet nicht mehr im Klassenverband, sondern in einem aus Grund- und Leistungskursen bestehenden Kurssystem statt. Dabei erfolgt die Wahl von drei Leistungskursen (4 – 6 Wochenstunden) und mindestens fünf Grundkursen (2 – 4 Wochenstunden) nach Neigung und Begabung, anhand der Maßgaben der Fächerkombinationstabelle sowie dem Fächerangebot des Eifel-Kollegs:
| Leistungsfächer | Grundfächer |
| Deutsch | Deutsch |
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Englisch |
Englisch |
| Französisch | Französisch |
| Latein | |
| Russisch | |
| Bildende Kunst | |
| Musik | |
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Gesellschaftswiss. Fach (Schwerpunkte Geschichte oder Sozialkunde / Wirtschaftskunde) |
Gesellschaftswiss. Fach (Schwerpunkte Geschichte oder Sozialkunde / Wirtschaftskunde) |
| Mathematik | Mathematik |
| Chemie | Chemie |
| Biologie | Biologie |
| Physik | |
| Informatik | |
| ka. / ev. Religionslehre oder Ethik | |
| Sport |
Neben der zu erfüllenden Pflichtstundenzahl von wöchentlich mindestens 31 Unterrichtsstunden sind folgende Pflichtfächer als Leistungs- oder Grundkurs zu belegen:
Bei ausreichender Punktzahl kann bereits am Ende der Jahrgangsstufe K12 die Fachhochschulreife verliehen werden. Die Allgemeine Hochschulreife (Abitur) als höchstes Bildungsziel wird bei insgesamt erfolgreichem Abschluss der gesamten Qualifikationsphase erreicht.